Η θεραπεία του καρκίνου του πρωκτού από πλακώδη κύτταρα είναι πρωτίστως με ακτινοβολία και χημειοθεραπεία και δευτερευόντως με χειρουργική επέμβαση. Με τον τρόπο αυτό διατηρείται ο σφιγκτήρας, ενώ αντίθετα η επέμβαση οδηγεί συνήθως σε μόνιμη κολοστομία. Η έγκαιρη διάγνωση και σταδιοποίηση είναι σημαντικά για το σχεδιασμό της σωστής θεραπείας. Δεν θα πρέπει να γίνεται καμία χειρουργική παρέμβαση εάν δεν προηγηθεί η σταδιοποίηση διότι αλλοιώνεται η περιοχή και δεν είναι αξιόπιστες οι υπόλοιπες εξετάσεις.